دانشکده پزشکی دانشگاه علوم پزشکی بقیةالله (عج) از سال ۱۳۷۱ اقدام به پذیرش دانشجو در رشته پزشکی کرده‌است. در سال‌های ۷۱ تا ۷۵ با توجه به نیاز سپاه به کادر درمانی هر ساله حدود ۱۰۰ دانشجوی پزشکی پذیرش شده‌اند و از سال ۷۵ به بعد هر سال حدود ۳۰ دانشجو پذیرش شده‌اند.

دانشگاه علوم پزشکی بقیةالله (عج) برای اولین بار فعالیت خود را در قالب دانشکده علوم‌پزشکی سپاه به عنوان یکی از دانشکده‌های دانشگاه امام‌حسین (ع) در سال ۱۳۶۴ شروع کرد و با گسترش فعالیت‌ها و نیاز به توسعه نظام سلامت نیروهای مسلح از سال ۱۳۷۱ مجوز پذیرش دانشجوی پزشکی را به دست آورد و نهایتاً در سال ۱۳۷۴ با تصویب تشکیل دانشگاه علوم پزشکی در شصت و ششمین جلسه شورای گسترش دانشگاه‌های علوم پزشکی به طور رسمی فعالیت خود را آغاز کرد. دانشجویان از طریق کنکور سراسری و پس از انجام گزینش داخلی دانشگاه مورد پذیرش قرار می‌گیرند. از سال ۱۳۷۱ تا ۱۳۷۹ تمام دانشجویان پزشکی در بدو ورود بورسیه تحصیلی سپاه شدند. از سال ۱۳۸۰ تا ۱۳۹۰ با توجه به تغییرات راهبردی در گزینش، دانشجویان به طور آزاد در دانشگاه پذیرش شدند و پس از پایان تحصیلات هیچ گونه تعهد خدمتی وجود نداشت اما از سال ۱۳۹۰ پذیرش دانشگاه دوباره به طریق بورسیه انجام می‌گیرد.

 

دانشکده‌های این دانشگاه:

 

 

پژوهشگاه علوم پزشکی بقیةالله (عج):

 

در تاریخ ۱۳۸۸/۲/۲۰ با حضور فرمانده کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و وزیر بهداشت ایران افتتاح گردید. این پژوهشگاه دارای چهار پژوهشکده و ۱۶ مرکز تحقیقاتی است.